目前，证券回购合同尚属于合同法上意义上的无名合同，对其效力的认定应以《民法通则》、《经济合同法》为依据，参照中国人民银行、财政部、中国证券监督管理委员会有关规章以及其他规范性法律文件，分别从缔约主体、合同内容和意思表示等方面予以考虑：

　　一、缔约主体
　　1．金融机构分支机构缔约主体资格问题。
　　一九九五年八月七日，中国人民银行、财政部、中国证监会《关于重申对进一步规范证券回购业务有关问题的通知》（以下简称银传[1995]60号文）规定：非金融机构、个人以及不具有法人资格的金融机构一律不得直接参与证券回购业务。根据银传[1995]60号文，从一九九五年八月七日以后，只有具有法人资格的金融机构（其经营范围内还应有证券业务）才具有证券回购合同的缔约主体资格；非金融机构、个人以及有不具有法人资格的金融机构签订的证券回购合同为无效合同。
　　金融机构的分支机构，无论其是否领取了企业法人营业执照和是否具有交易场所的会员席位，只要是在银传[1995]60号文下发后，都应确认其不具有从事证券的主体资格；但在该文件下发前，金融金融机构的分支机构以自己名义签订的证券回购合同，应确认其主体资格合法。
　　特别应该指出的是，一九九四年九月八日中国人民银行发布的银发[1994]228号《关于清理人民银行各级分行越权批设证券机构有关问题的通知》规定：证券交易营业部、证券业务部作为证券公司、信托投资公司的全资附属营业机构，不具有法人资格。故在银发[1994]228号文发布后，证券交易营业部、证券业务部签订的证券回购合同为无效合同。
　　就诉讼程序而言，根据我国法律规定，金融机构的分支机构只要领取了营业执照，就具有诉讼主体资格，可成为证券回购纠纷案件的当事人，但在实体处理上，金融机构分支机构签订的证券回购合同为无效合同，承担民事责任时应从其财产中清偿，但如该分支机构没有偿付能力的，可直接执行其所属法人机构财产。
　　2．关于财政系证券机构的主体资格问题。
　　财政证券机构（包括国债服务部、国债服务中心等国债中介机构）的形成有其历史原因，它们在国债的发行、兑付和流通转让方面曾起了重要作用。由于财政系统证券机构的清理和改组、转轨工作尚在进行之中，对其从事的国债发行、兑付、转让（包括回购）等交易活动，可认定为具有从事该项交易的主体资格。
　　3．承包方（或借用方）缔约主体问题
　　在证券回购纠纷中，有些是由金融机构将其在交易场所的席位发包或者出借给其他单位或者个人经营产生的纠纷，这种发包或者出借行为，严重违反了国家有关金融管制的法律法规，属于以合法形式掩盖非法目的的合同，应认定其无效。

　　二、合同内容
　　1．实物券问题
　　一九九四年二月十五日中国人民银行颁发的《信贷资金管理暂行办法》（以下简称《暂行办法》）第五十二条规定：证券回购业务中的回购方应有真实的定额的有价证券，必须向对方办理交割或者由对方封存。一九九四年七月一日财政部发布的[94]财国债字第20号《关于坚决制止国债券卖空行为的通知》（以下简称[94]财国债字20号文）和银发[1995]60号文对此进行了重申。
　　根据《暂行办法》及有关规定，在一九九四年二月十五日之后，在证券回购交易中，融资方未向对方当事人实际交割或封存定额实物券的，该证券回购合同应认定为无效合同；融资方向对方当事人交割或封存了足额实物券的，未有其他违法行为的，该合同应认定为有效合同。但在《暂行办法》发布以前对是否有足额实物券在所不论。
　　2．回购期限问题
　　根据《暂行办法》规定，证券回购的期限，最长不得超过四个月。而银传[1995]60号文件规定，回购期限最长不得超过一年。一九九四年二月十五日《暂行办法》发布之前，回购期限不受限制；一九九四年二月十五日至一九九五年八月七日银传60号文件发布期间，回购期限为四个月以内，超出四个月的部分无效；根据新法优于旧法的原则，一九九五年八月七日银传[1995]60号文件颁布以后，回购期限为一年，超出一年的部分无效。
　　3．回购券种问题
　　银传[1995]60号文件规定：证券回购券种只能是国库券和经中国人民银行批准的金融债券。故在此规定颁布以后，凡以其他金融券种为标的物签订的回购合同无效。
　　4．交易场所问题
　　(94)财国债字第20号文规定：证券回购交易只能通过证券交易所和国家批准的证券交易系统进行。银发[1996]60号文指出：凡未经国务院和中国人民银行批准的证券交易场所和融资中心，一律不得开办证券回购业务；所有金融机构也不得参与这些场所和中心开设的证券回购市场。故一九九四年七月一日(94)财国债字第20号文发布后，在场外签订的证券回购合同均可认定为无效。
　　在联办STAQ系统中进行的证券回购业务均为场外交易，但联办STAQ系统作为现实存在的中介机构，在该场所进行的回购业务如其他条件合法，也可视为有效。
　　5．违约责任条款问题。
　　对于当事人在回购合同中约定的逾期罚息，约定过高的，不应予以认可，应当比照国发[20]号文、银发[1996]244号文、银发[1996]349号文的计算标准处理：1．证券回购利率无论场内、场外交易，债务方（卖出回购证券方）在交易双方原定回购协议期限偿还债务的，按同期中国人民银行规定的同业拆借利率上限付息；原回购协议期限超过四个月的，按四个月同业拆借利率上限执行；2．超过交易双方原定回购协议期限的，超过期间债务方须按日利率万分之五付息。
　　综上所述，证券回购合同生效必须符合缔约主体合格、内容合法、双方当事人意思表示真实等条件。但由于证券回购活动是在法律规定极其不健全的情况下进行的，因而大部分证券回购交易很不规范，法院在审理此类案件时，应本着意思自治原则，在尽可能的范围内认定合同有效，以保护债权人利益和维护交易安全。